Основными задачами Министерства являются:
- обеспечение защиты и соблюдения прав и свобод человека и гражданина в области охраны здоровья и связанных с этими правами государственных гарантий;
- разработка и реализация в пределах своей компетенции системы мер по охране здоровья населения Московской области, включая организацию профилактических мероприятий и оказание медицинской и лекарственной помощи населению Московской области.